抗战时期，侵华日军在中国的主要作战军队有关东军、华北方面军、上海派遣军、华中方面军（华中派遣军）、华南方面军、台湾军、第十方面军等，这些侵华日军的级别不同，一些是总军，一些是方面军。
关东军：日本关东军在1942之前的级别为方面军，1942年10月，日本将关东军升格为“总军”，其总司令官为梅津美治郎大将，1945年日军投降时，关东军总司令官为山田乙三大将。
华北方面军：1937年8月，日军设立华北方面军，司令部设在北平，1939年9月编入新设立的中国派遣军战斗序列，寺内寿一、杉山元、多田骏、冈村宁次等人当过华北方面军的司令官。
上海派遣军：日军曾先后两次设立了上海派遣军，第一次是淞沪抗战时期，司令官为白川义则大将；第二次是淞沪会战期间，司令官为松井石根大将。
华中方面军、华中派遣军：1937年11月，日军设立华中方面军，司令官为松井石根大将。1938年废除华中方面军，同时设立华中派遣军，畑俊六大将、山田乙三大将先后当过司令官，1939年编入中国派遣军。
（畑俊六）
中国派遣军：1939年9军日军大本营为了统一指挥侵华的日军部队，设立了中国派遣军，它的级别为总军，总司令部设在南京，西尾寿造大将、畑俊六大将、冈村宁次大将先后担任过总司令。
华南方面军：1940年2月，日军撤销第21军番号，设立华南方面军，司令部在广州，首任司令官为安藤利吉中将。
台湾军、第十方面军：1944年，日本大本营将台湾军扩充为第十方面军，司令官为安藤利吉大将，主要是负责冲绳、台湾、澎湖的防卫作战任务，1945年日军投降时，安藤利吉向台湾行政长官兼警备司令陈仪（汤恩伯岳父）将军投降。
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按照军事历史上对侵华日军“战略区”的划分，其陆军的战区级建制准确编成有五个，自北向南分别是关东军、华北方面军、华中派遣军、华南方面军和“台湾军”。其中华中派遣军后来升格为“中国派遣军”，而太平洋战争爆发后，华南方面军则被降格为第23军。
（关东军司令官武藤信义）
关东军盘踞在山海关以北的我国东北，1938年之前为“军”级建制，1942年之前为“方面军”建制，1945年投降时为“总军”级建制。从1931年“九一八事变”算起，历任司令官为本庄繁、武藤信义、南次郎、植田谦吉、梅津美治郎，投降时的总司令是山田乙三大将。
华北方面军，是以根据《辛丑条约》盘踞在平津地区的“中国驻屯军”为基础组建的，1937年全面抗战爆发后正式成立，是侵略华北的元凶，历司令官为寺内寿一、杉山元、多田骏、冈村宁次、冈部直三郎，投降时的司令官是下村定中将（根本博是代理司令官）。
（华中方面军司令官松井石根）
华中派遣军的前身是“淞沪会战”时期侵华的“上海派遣军”，进攻南京之前更改番号为“华中方面军”，再后来更名为“华中派遣军” ，1939年以华中派遣军司令部为基础组建“中国派遣军”，统一指挥山海关以南的侵华日军。华中方面军司令官是松井石根大将，华中派遣军司令官是畑俊六大将。
“中国派遣军”情况比较特殊，虽然名义上它指挥着华北、华中和华南三地的侵华日军，但毕竟是从华中派遣军升格而来，主要还是指挥华东地区的第13军和华中地区的第11军，以及抗战末期成立的第六方面军。华北和华南的日军具有一定的独立性，很多时候直接听命于东京军部，它的三任总司令分别是西尾寿造、畑俊六和冈村宁次，投降时自然是冈村宁次了。
